El 7 de agosto de 1976, Pablo VI lo nombró primer Obispo de Quilmes, Diócesis creada por Bula Ut Spirituali: Christifidelium utilitati del mismo Papa. Fue consagrado Obispo en la Iglesia Catedral de Quilmes el 19 de septiembre de ese año, tomando posesión de esta Diócesis ese mismo día.
En 1984 viajó a Costa Rica para disertar en una conferencia sobre Derechos Humanos; allí comenzó a sufrir los primeros síntomas del síndrome de "Guillén Barré" que luego paralizó todo su cuerpo. Este trastorno no fue motivo para que Mons. Novak detenga su actividad episcopal. Lentamente comenzó a recuperar su motricidad y siguió adelante con su ministerio.
En el Episcopado argentino, Mons. Novak fue cofundador del Movimiento Ecuménico por los Derechos Humanos y, junto con Mons. Jaime De Nevares y Mons. Miguel Hesayne, formó parte del trío de obispos que denunció las violaciones a la dignidad humana que utilizaron los militares del Proceso de Reorganización Nacional.
Tras padecer una afección estomacal motivada por un tumor, el 9 de julio de 2001 falleció, dejando el legado de 25 años de servicio a la evangelización, la opción preferencial por los pobres, la defensa de los derechos humanos y el diálogo ecuménico en la Diócesis de Quilmes. Su cuerpo descansa en la Catedral de Quilmes, al lado de los restos de Mons. Gerardo Farrell.
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